安徽医科大学的校训是“好学力行，造就良医”‌。
这八字校训源自我国著名民主主义革命家、教育家蔡元培先生分别于1933年和1934年为学校前身——私立东南医学院题写的“好学力行”与“造就良医”两幅题词。2006年，在学校80周年校庆之际，这两句题词被正式确立为安徽医科大学的校训。

蔡元培校训题字
校训体现了学校深厚的医学教育传统和育人理念：
“好学力行”‌ 强调勤奋学习与躬身实践相结合，倡导知行合一；
“造就良医”‌ 明确了人才培养目标，即培育医德高尚、医术精湛的优秀医学人才。

安徽医科大学校训石

原来的安徽医科大学校训石

2025年10月4日，安徽医科大学举行1995届校友毕业30周年返校纪念大会暨校训石揭幕仪式。新的校训石由1995届全体校友捐赠，石头材质花岗岩（雪浪石），安放地点‌位于学校的新医科中心，石头上镌刻着安徽医科大学的校训——“好学力行，造就良医”。