哈尔滨医科大学的校训是‌木直中绳、博学载医‌。
校训释义
木直中绳‌：取自《荀子·劝学》，意指木料经测量加工才能成材，寓意学生经过学校培养后成为有用之才。
博学载医‌：强调要用渊博的知识承载博大精深的医学事业，体现医学生需具备扎实的学术基础。

哈尔滨医科大学校训石

校训石位于南门处主楼前醒目位置，石头材质晚霞红，石头上携刻着：“木直中绳 博学载医”八字校训，是杨宝峰院士题写，由哈尔滨医科大学第二十五期毕业生2010年时集体捐赠，是校友回馈母校的标志性纪念物。