福建医科大学的校训是‌：“勤奋、严谨、求实、创新‌“。
校训释义
1987年由时任校长殷凤峙提出，是学校70余年医学教育与临床工作经验的凝结，已被正式写入学校章程，是校园精神文化的核心体现。
勤奋、严谨、求实、创新‌：这八个字贯穿福医办学全程，一代代师生将其作为行医治学的核心准则，和学校“自强不息、追求卓越”的精神、“厚德敬业”的教风、“博学笃行”的学风一脉相承，支撑学校培养出大量福建医疗卫生领域的骨干力量。
福建医科大学校训石

福建医科大学校训石位于综合体育馆（旗山校区）前，长方体的花岗岩石材上携刻有福建医科大学校训：“勤奋、严谨、求实、创新‌“。