南通大学校训是：“祈通中西 力求精进”，学校训释义：
1.“祈通中西 力求精进”分别取自于张謇先生为原南通学院医科、纺织科所提训词“祈通中西 以宏慈善”“忠实不欺 力求精进”。选用张謇先生的训词作为校训，首先在于张謇先生作为中国近代实业家、教育家，他的教育思想极为丰富，前瞻性强，至今仍对我们有很强的启示性，而且，可以作出富有时代意义的与时俱进的解释。其二是可以为南通大学找到历史的渊源，承载南通大学的文化积淀，使南通大学具有厚重的历史感和文化的传承性。
2.“祈通中西”是南通大学的教育理念，同时也是学校事业发展的目标。在全球化背景下，我们培养的教师和学生，必须具有历史眼光和世界眼光，必须在全球范围内，多样化思想文化相互激荡的前提下，既保持本民族的优秀传统文化，又以海纳百川的气魄拥抱世界所有优秀文明成果，融通古今，学贯中西，努力使自己成为中国特色社会主义事业的合格建设者和可靠接班人，从而承担起中华民族伟大复兴的重任。作为一所综合性大学，南通大学也必须立足本土，走向世界，通过几代人、十几代人自强不息、薪火相传的努力，逐步成为具有鲜明民族特色的国际化高等学府，为中国的发展，乃至人类的进步贡献力量。
3.“力求精进”是南通大学的核心价值观和始终保持的精神状态。“力求”是一种态度，是在目标下的积极进取的精神状态。“精进”意指精心一志，努力上进，开拓进取，拼搏攀登，为推动社会发展作出贡献。“精”有精确、精致、精美的含义，内生有科学、完美的意蕴。“进”是一种发展的状态。“精”、“进”两者合用表达了追求完美的价值取向。南通大学是一所综合性大学，要实现“立足南通、服务全省、面向全国、逐步走向世界”的目标，务必使我们每一个通大人始终保持追求卓越、尽善尽美的价值追求，始终保持不断进取、敢于争先的良好精神状态。
4.“祈通中西 力求精进”的内涵具有解释的广延性，校训的意义也是在凝聚人心、引导行为、形成传统的过程中，不断彰显和深化的。

张謇创办的南通医学院，他将校训定为“祈通中西，以宏慈善”。

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